Para efetuar o lançamento de Notas com a Base de Cálculo de ICMS reduzida, primeiramente deve efetuar o Cadastro da Taxa que será vinculada ao CFOP da Nota:

Acesse Configurações > Operações ICMS/ISS > Taxas. Clique no botão Novo, e efetue o cadastro da Taxa. Caso a Taxa já exista, clique em Alterar.

Os campos referentes a Base de Cálculo devem conter o valor total da Base de ICMS (100%) subtraída a porcentagem da Redução: 

Obs: As configurações de Bases e Alíquotas devem ser preenchidas com o auxílio de seu contador.

Após efetuar o Cadastro ou Alteração da Taxa, feche a tabela, clique novamente em Configurações > Operações ICMS/ISS > Naturezas.
Clique no botão Novo e efetue o cadastro do CFOP. Caso o CFOP já exista, clique no botão Alterar. 

Preencha todas as informações conforme orientação da contabilidade lembrando de selecionar a Taxa criada anteriormente:

Após efetuar o cadastro da Taxa e do CFOP, já poderá efetuar o lançamento da nota e verificar que a base de cálculo já estará com o valor reduzido.

Obs: Lembre-se que se o produto possuir uma Taxa ICMS/ISS definida em seu cadastro, o sistema não irá considerar a Taxa do CFOP e sim a Taxa que está em seu cadastro.